Avant que Matthew Vaughn ne reprenne en main la saga X-Men avec X-Men : First Class (2011), il avait été sollicité par 20th Century Fox pour remplacer Bryan Singer en tant que réalisateur de X-Men 3, intitulé L'Affrontement final (2006). Durant le New York City Comic-Con (via ScreenRant), le réalisateur a raconté qu'il avait rejeté la proposition après avoir découvert le plan du studio, qui comptait duper Halle Berry, pour qu'elle reprenne son rôle de Tornade :
"L'une des principales raisons pour lesquelles j'ai quitté X-Men 3, et c'est une histoire vraie, c'est que je suis allé dans le bureau d’un cadre du studio et j’ai vu un script ‘X3’. Il était beaucoup plus gros que celui que j'avais eu. Alors j'ai posé la question : c'est un autre brouillon ? Et on m'a répondu : 'Ne vous occupez pas de ça...' Alors je l’ai saisi et j’ai ouvert la première page, et il était écrit : « Afrique ». Des enfants meurent sans eau et Tornade crée un orage pour sauver tous ces enfants. Je trouvais que c'était une idée plutôt sympa. Alors j'ai demandé ce que c'était..."
Et le cadre du studio lui a alors livré une réponse glaçante, qui a entraîné le départ de Matthew Vaughn, qui raconte :
"Il m'a dit : ‘C’est le scénario de Halle Berry, parce qu’elle n’a pas encore signé. C'est ce qu'elle veut faire dans le film. On lui donne ce script et une fois qu’elle aura signé, on le jettera à la poubelle.' Forcément, je me suis dit : s'ils font ça à une actrice oscarisée qui joue Tornade, j’arrête !"
C'est donc Brett Ratner qui a repris X-Men 3 en main. Halle Berry a fini par revenir dans la saga et le film n'inclue aucune scène se déroulant en Afrique. Le personnage de Tornade y tient cependant un rôle plus important, reprenant notamment la direction de l'école pour mutants après la mort de Charles Xavier.
